Po uzyskaniu profilu zaufanego, należy zalogować się na stronie www.epuap.gov.pl, wybrać usługę, którą chce się zrealizować za pośrednictwem internetu i wypełnić wniosek. Podpisanie dokumentu profilem zaufanym realizowane jest poprzez wprowadzenie kodu weryfikacyjnego, który obywatel otrzymuje w momencie składania podpisu, na wskazany przez siebie adres poczty elektronicznej. Potwierdzenie danych za pomocą kodu umożliwia wysłanie wniosku drogą elektroniczną do wybranego urzędu.
Profil zaufany jest ważny przez 3 lata, jednak jego przedłużenie nie wymaga dodatkowej wizyty w urzędzie. Obywatel może przedłużyć ważność swojego profilu bezpośrednio poprzez stronę www.epuap.gov.pl.